Cobain định đặt tên album là I Hate Myself and I Want to Die (Tôi ghét bản thân và tôi muốn chết), một câu nói bắt nguồn từ nhật ký anh độ giữa năm 1992.[52] Hồi ấy, anh luôn dùng câu này đáp trả mỗi khi có người hỏi anh khỏe không. Cobain định đặt tên album như vậy để giỡn chơi. Anh cho biết mình "phát mệt vì phải xem trọng ban nhạc này và người khác cũng xem trọng nó quá vậy."[53] Novoselic thuyết phục Cobain đổi tên album vì sợ vướng kiện tụng. Sau đó ban nhạc cân nhắc tên Verse Chorus Verse (Lời điệp khúc lời), lấy theo tên bài hát "Verse Chorus Verse" của họ – đây cũng là nhan đề cũ của ca khúc "Sappy." Cuối cùng, họ quyết định chọn In Utero (một cụm từ tiếng Latin có nghĩa là "trong tử cung"), trích từ một bài thơ Courtney Love viết.[54]

Nhà chỉ đạo nghệ thuật của In Utero là Robert Fisher, người thiết kế mọi tác phẩm Nirvana phát hành với DGC. Hầu hết ý tưởng cho minh họa album và các đĩa đơn liên quan đều là của Cobain. Fisher hồi tưởng, "[Cobain] chỉ đưa tôi mấy món đồ lặt vặt rồi bảo 'Làm gì đó với nó đi.'"[55] Bìa trước album là ảnh một Mô hình Giải phẫu Trong suốt (Transparent Anatomical Manikin, một loại mô hình dùng trong hướng dẫn y tế) được gắn thêm cánh thiên thần. Cobain là người làm collage ở bìa sau, được anh miêu tả là có "Tình dục và đàn bà và In Utero và âm đạo và sinh sản và chết chóc." Nó chứa các mô hình bào thai, mô hình rùa, một cái mai rùa, và các bộ phận cơ thể đặt trên một thảm hoa lan và hoa loa kèn. Bức collage được xếp trên sàn phòng khách nhà Cobain và được nhiếp ảnh gia Charles Peterson chụp sau khi bị Cobain bất ngờ gọi đến.[56] Chạy quanh viền collage là danh sách ca khúc của album và các biểu tượng lấy từ cuốn Từ điển biểu tượng và vật thiêng của người phụ nữ của Barbara G. Walker.[57]

Các ma-nơ-canh mô hình giải phẫu gắn cánh thiên thần được dùng làm đạo cụ sân khấu trong chuyến lưu diễn quảng bá In Utero của Nirvana. Một ma-nơ-canh sau này được bày tại triển lãm "Nirvana: Taking Punk to the Masses" ở bảo tàng Dự án Trải nghiệm Âm nhạc, kéo dài từ tháng 4 năm 2011 đến hết năm 2013 và trưng bày các vật kỷ niệm âm nhạc và lịch sử của ban nhạc.[58]